Hrvatski hidrografski institut ima dva istraživačka broda, namijenjena za kvalitetno obavljanje poslova hidrografske izmjere, magnetometrijske detekcije, geoloških istraživanja podmorja, oceanografskih istraživanja te kartografske reambulacije obale i otoka s karakterističnim sadržajima istočne obale Jadranskog mora.

Manji istraživački brod HIDRA upotrebljava se za obalne i priobalne radove u međuotočnom i teritorijalnom dijelu  hrvatskog dijela Jadranskog mora. Istraživački brod PALAGRUŽA, veličinom i opremljenošću sposoban za plovidbu u o teškim meteorološkim uvjetima, upotrebljava se za radove na otvorenom moru u hrvatskom dijelu Jadranskog mora. Brod je  osposobljen i za plovidbu u Sredozemnom moru s potpunom autonomnošću od 25 dana.

Brodovi ispunjavaju zahtjeve i potrebe hidrografske, kartografske i oceanološke djelatnosti Hrvatskog hidrografskog instituta, što je neophodno za praćenje stanja i održavanje baza podataka za hrvatski dio Jadrana. Oprema koja se koristi na brodovima, prati najsuvremenije trendove razvoja računalne i instrumentalne mjerne tehnologije u svijetu na području istraživanja mora i podmorja.